È difficile dare una risposta con queste poche informazioni Provi a disattivare l'antivirus prima di eseguire l'operazione. Per verificare che la chiavetta non sia in qualche modo protetta dalla scrittura, provi a scriverci su un file qualsiasi.

Per eseguire il programma automaticamente all'inserimento della pendrive si deve creare un file denominato autorun.inf e metterlo nella pendrive come spiegato in http://verytech.smartworld.it/come-creare-un-file-autoruninf-126671.html. Tuttavia non comprendo l'utilità di tale operazione. Se questa esigenza nasce dal fatto che la pendrive si danneggia di continuo, non è questa la soluzione, ma occorre invece rimuovere dal pc, una volta per tutte, il virus che la infetta.